L’île de Baltra, également connue sous le nom de South Seymour, est une petite île située juste au nord de Santa Cruz. Baltra abrite l’un des deux aéroports reliant les Galápagos à l’Équateur continental et constitue le point d’arrivée de la plupart des voyageurs vers les îles. Pendant la Seconde Guerre mondiale, Baltra était une base militaire pour les Américains. Aujourd’hui, l’île n’a plus grand-chose à offrir. Il est principalement utilisé pour l’aéroport. Baltra abrite toujours une espèce endémique unique d’iguane terrestre.